Inculpé en 1983 de crimes contre l’humanité, Papon ne verra son procès s’ouvrir qu’en 1997 après dix-sept ans de procédures. Il avait été renvoyé, le 18 septembre 1996, devant la cour d’assises de la Gironde par la chambre d’accusation de la cour d’appel de Bordeaux.

Le 2 avril 1998, Maurice Papon est condamné à dix ans de réclusion criminelle, d’interdiction des droits civiques, civils et de famille pour complicité de crimes contre l’humanité.

La complicité d’arrestation et de séquestration n’a été retenue que pour quatre convois sur huit. Selon la cour d’assises, Maurice Papon n’avait pas connaissance de l’extermination des juifs : il est donc acquitté pour toutes les charges de « complicité d’assassinat » et des « tentatives de complicité d’assassinat ».

Une décision de la cour d’assises de la Gironde avait laissé Papon en liberté : il en profite pour s’enfuir en Suisse en octobre 1999 à la veille de l’examen de son pourvoi en cassassion. Papon est arrêté deux jours plus tard et extradé ; il est finalement incarcéré à la prison de Fresnes mais en sort le 18 septembre 2002 pour raisons d’« incompatibilité de son état de santé avec la détention en raison de son état de santé », en vertu d’une « loi Kouchner » qui vient d’être votée…

Assigné à résidence, il meurt le 17 avril 2007 à l’âge de 96 ans. Il sera enterré avec sa croix de commandeur de la Légion d’honneur.