Si le principe sur lequel se fonde la vision kropotkinienne en matière d’organisation est le fédéralisme, on ne trouve pas chez lui, contrairement à Bakounine, de longs développement sur la nécessité pour les révolutionnaires de s’organiser ou sur la manière dont la classe ouvrière doit s’organiser.

Ses conceptions de l’organisation et du communisme l’ont amené à voir l’organisation des travailleurs comme un ensemble constitué d’éléments autonomes, doués d’une volonté propre, indépendante. Pour Kropotkine, le communisme devait naturellement découler du capitalisme et, curieusement, son attitude est sur ce point très proche de certains social-démocrates allemands de son temps. Dans certaines tendances du capitalisme à rejeter l’intervention de l’Etat et à favoriser les initiatives privées, il verra les prémices du communisme alors que ce n’étaient que des modalités par lesquelles le capitalisme se renforçait.
L’examen de la notion de fédéralisme chez Kropotkine révèle qu’il en avait une conception extrêmement floue quand il s’agissait de l’appliquer à l’organisation de la société d’aujourd’hui. Le fédéralisme se limitait pour lui à une forme extrême de décentralisation, ce qui est tout-à-fait contraire au concept. Le fédéralisme de Kropotkine est un phénomène essentiellement horizontal.

Selon Kropotkine, l’histoire de l’humanité est parcourue de manière immanente par deux tendances antagoniques ; l’une qui pousse les hommes à l’accaparement du pouvoir et à l’exploitation économique de leurs semblables : ceux-là sont les partisans de la centralisation de toute forme d’organisation, qu’il s’agisse de l’Etat ou d’organisations dont le champ d’intervention est plus limité. L’autre tendance immanente est celle qui pousse les hommes à fédérer leurs activités parce qu’ils éprouvent le besoin de coopérer. La forme fédérative d’organisation est la forme naturelle qu’adoptent les hommes dans toute forme d’activité sociale, qui garantit à la fois un maximum d’autonomie des groupes dans l’activité exercée et la coordination de l’activité d’ensemble. Le centralisme relève donc du domaine du pouvoir et de l’Etat tandis que le fédéralisme relève de l’activité sociale, productive. Là se trouverait le fondement de l’opposition entre communistes et anarchistes, les premiers tendant à se constituer en contre-Etat tandis que les seconds tendent à se constituer en contre-société.