Le mouvement protestant « imprima à la jeune nation hollandaise un essor industriel, commercial, artistique et même scientifique et philosophique qui transforma bientôt cette petite Hollande en un pays aussi riche que puissant et qui devint plus tard le refuge de tous les libres penseurs » . On pense à ce que disait Max Weber des Pays-Bas : « La petite et moyenne bourgeoise, classe en pleine ascension où se recrutaient principalement les entrepreneurs, était ici comme ailleurs composée, pour la plus grande part, de "typiques" représentants à la fois de l’éthique capitaliste et de la religion calviniste ».
Partout le protestantisme a produit « l’esprit de liberté et d’initiative spontanée », dit Bakounine, donnant à la classe moyenne et aux corporations ouvrières des villes un essor vigoureux et puissant, en Suisse, dans les Pays-Bas, en Angleterre, « et même en France malgré que le protestantisme ait fini par y être vaincu ». Pourquoi donc en Allemagne, où il a complètement triomphé, n’a-t-il produit pendant « deux siècles mortels que le despotisme à la fois brutal et stupide de ses princes, l’arrogance aussi insolente pour l’en-bas que servile vis-à-vis de l’en-haut de sa noblesse crassement ignorante, et la soumission résignée et abjecte de ses classes laborieuses » ?
Le caractère particulier de la Réforme en Allemagne ne s’explique sans doute que par l’examen de la « réaction, pourtant évidente, des institutions politiques, juridiques et religieuses sur la situation économique » que Bakounine préconise comme méthode en histoire. C’est d’ailleurs le point de vue auquel se place également Max Weber, qui entend « faire comprendre de quelle façon les “idées” deviennent des forces historiques efficaces » .
La Confession d’Augsbourg, présentée par Luther et Mélanchton à l’empereur et aux princes d’Allemagne, avait « posé les scellés sur tout mouvement ultérieur dans le pays. Elle pétrifiait le libre essor des âmes, reniant même cette liberté des conscience individuelles au nom de laquelle la Réformation s’était faite, leur imposant comme une loi absolue et divine un dogmatisme nouveau, sous la garde de princes protestants reconnus comme les protecteurs naturels et les chefs du culte religieux ». Il se constitue ainsi une Église nouvelle plus absolue que l’église catholique, qui devient, aux mains des princes protestants, un « instrument de despotisme terrible ».
Il est significatif que Bakounine n’entre pas dans les débats sur le dogme, bien que de nombreuses allusions montrent qu’il était au fait des différences entre catholicisme et protestantisme sur cette question. Il s’attache au rôle historique et politique de la Réforme. Le protestantisme allemand est ainsi constamment caractérisé par la négation dans les faits, de la liberté de conscience, par la soumission de l’Église au pouvoir politique, et par l’acceptation passive de tout statu quo politique et social, par ce que Bakounine appelle la « propagation systématique de la doctrine de l’esclavage », et que Max Weber définit comme la doctrine qui « identifie l’obéissance inconditionnée à Dieu et la soumission inconditionnée à la situation donnée ».